Kelmendit ndodhet në skajin verior të Republikës së Shqipërisë, në territorin administrativ të Rrethit të Malësisë së Madhe, të Qarkut Shkodër dhe në kufi me Republikën e Malit të Zi.
Kelmendi shtrihet ndërmjet koordinatave gjeografike 42 gradë 24 min 22 sek Qafa e Kapës-Brojë e 42 gradë 39 min 45 sek maja e Zhihovës-Vermosh, gjerësi gjeografike veriore 19 gradë 30 min12 sek kufiri shtetëror, bregu i Cemit e 19 gradë 15 min 01 sek liqenet e Jezercës në gjerësi gjeografike lindore. Ka shtrirje 24 km në drejtimin veri-jug, dhe 24.5 km në atë lindje-perëndim. Komuna e Kelmendit kufizohet me Komunën Shkrel, Komunën Kastrat të Malësisë së Madhe, Komunën Shalë të Shkodrës, Komunën Margegaj të Rrethit të Tropojës dhe Malin e Zi.
Gjatësia e përgjithshme e kufijve është 102 km, nga të cilët 99.5 km janë kufij tokësorë, 2.5 km janë kufij lumorë. Me Malin e Zi kufizohet në një gjatësi prej 68 km ose 66.6 % të kufirit të përgjithshëm, i cili kalon: nga lindja lumi Cem, qafa e Popratit, maja e Sokolit, Vilës, rrjedha e sipërme e Vermoshit, qafa e Mojanit, maja e Zhihovës (kufiri verior i Shqipërisë); në drejtim të juglindjes, maja e Kapuranit, qafa e Lipovicës, rrjedha e poshtme e Vermoshit, maja e Trojanit dhe e Edhave, fusha e Runicës, maja e Cokistës, liqenet e Jezercës.
Me komunat e tjera, në drejtimin lindje-perëndim, kufizohet me majën Kokërdhake, majën e Jezercës, qafën e Valit të Pejës, majën e Vizhnjës, majën e Rriskulit, majën e Muriqillës, qafën e Kapës e të Dasmorëve dhe mbyllet me lumin Cem. Lartësia mbi nivelin e detit varion nga 210–2554 m. Brenda këtyre kufijve, Komuna Kelmend ka një sipërfaqe 353 km2 që përbën 33.5 % të Malësisë së Madhe dhe 16.4 % të Alpeve Shqiptare.
